CS Năvodari are înscrise două echipe de handbal juniori, care evoluează în campionatele patronate de Federația Română de Handbal.
Lotul juniorilor 1, născuți în anii 1997 și 1998 este format din: George Priemschi, Ionuț Răducan, Andrei Popovici, Andrei Grosu, George Dăineanu, Abid Farooq, Dragoș Gheorghiță, Daniel Crăciun, Andrei Mihalcea , Nicolae Stoian, Florin Anton, Cristian Deliu, Daniel Mirescu, Mihai Duca, Viorel Vrabie.
CS Năvodari juniori 1, evoluează în Seria C, alături de CSM București, CSS 1 Constanța, CSS Medgidia, Dinamo București, CSS Călărași, CT Media București și Axiopolis Cernavodă.
Lotul juniorilor 2, născuți în anii 1999 și 2000 este alcătuit din: Andrei Popovici , Florin Anton, Cristian Deliu, Mihai Duca, Andrei Tălîmbă, Ștefan Roșca, Nicolae Stoian, Carol Turof, Daniel Mirescu, Marius Iordache , David Măgureanu, Alex Sârbu .
CS Năvodari juniori 2, evoluează în Seria C, alături de CSS Galați, HC Farul Constanța, CSS Medgidia, Axiopolis Cernavodă, CSS Călărași și LPS Brăila.
Ambele formații sunt pregătite de antrenorul Dorin Coman.